O Programa de Assessoria e Monitoramento Ambiental do Canal de Acesso e Bacia de Evolução do Porto de Itajaí é resultado de uma parceria técnico-científica entre a Superintendência do Porto de Itajaí e a Universidade do Vale do Itajaí (UNIVALI), iniciada no fim de 2005. O Programa, atualmente executado pela Escola do Mar, Ciência e Tecnologia (EMCT) da UNIVALI, é realizado em atendimento às demandas ambientais exigidas pelas Licenças Ambientais de Operação do Porto de Itajaí e Licença Ambiental de Operação da Dragagem de Manutenção do Canal de Acesso ao Porto Organizado de Itajaí. O programa é dividido em vários sub-programas de monitoramento, os quais envolvem aspectos geológicos, físicos, químicos, biológicos, oceanográficos e indicadores da qualidade ambiental e, portanto, de alterações da estrutura natural do ecossistema. Em 2018, além dos monitoramentos ambientais, o programa incluiu o Resgate e Reabilitação de Fauna nas Instalações Portuárias e adjacências.
Além do cumprimento das exigências ambientais pelos órgãos licenciadores, essa parceria técnico-científica tem permitido uma grande geração de dados, os quais são usados em trabalhos acadêmico-científicos pela UNIVALI, resultando em um grande número de publicações científicas, trabalhos de conclusão de curso, dissertações de mestrado e teses de doutorado. A atuação da Superintendência do Porto de Itajaí, através de sua Coordenação de Meio Ambiente, Segurança e Sustentabilidade (COAMB), em conjunto com os programas de monitoramento realizados em parceria com a Universidade, vem gerando resultados inéditos, trazendo o Porto de Itajaí como um destaque no cenário nacional na área ambiental. Dessa forma, em 2021 o Porto de Itajaí ganhou, pelo oitavo ano consecutivo, o Prêmio ANTAQ 2020 na categoria Desempenho Ambiental, modalidade Maior IDA (Índice de Desempenho Ambiental), ficando em 1º colocado entre os portos do Brasil (https://www.gov.br/antaq/pt-br/noticias/2021/agencia-realiza-cerimonia-de-entrega-do-premio-antaq-2021). Assim como em 2019, o Porto de Itajaí atingiu a 1ª colocação, com o maior IDA entre os portos brasileiros.
Atuar na identificação, prevenção e mitigação de possíveis alterações ambientais, principalmente no estuário do rio Itajaí-Açu e região adjacente, que possam advir das operações executadas no Porto de Itajaí, na sua atividade fim que é movimentação de carga de descarga de navios, além de dragagens de manutenção da profundidade do canal de acesso e bacia de evolução, indicando medidas mitigadoras de impacto ambiental. O Programa de Monitoramento Ambiental é executado em atendimento às demandas ambientais exigidas pelas Licenças Ambientais de Operação do Porto de Itajaí e Licença Ambiental de Operação da Dragagem de Manutenção do Canal de Acesso ao Porto Organizado de Itajaí.
O monitoramento envolve vários sub-programas, em atendimento aos Programas Básicos Ambientais (PBA), aprovados pelo Órgão Ambiental Estadual (IMA/FATMA). Ele envolve levantamentos de dados abióticos (Qualidade de Sedimento, Qualidade de Água, Levantamento Meteoceanográfico, Qualidade do Ar, Qualidade do Ruído) e bióticos (Monitoramento da Biota Aquática, Avaliação do risco de introdução de espécies exóticas por meio de água de lastro, Monitoramento da pesca artesanal, resgate e reabilitação de fauna) na região do entorno do Porto de Itajaí, região estuarina e costeira. Envolve ainda a Supervisão Ambiental e o Sistema de Dados Integrados do Monitoramento (MAPI).
O Programa de Assessoria e Monitoramento envolve os seguintes subprogramas de monitoramento: